gs

y=u+G+E+GE+e
提高GS准确性：

1. 基因型：加入功能性marker（gwas结合）
2. trait：多性状模型；选择指数（多性状整合）
3. G x E
4. 多组学数据
5. 群体：增加训练群体；训练群体和预测群体之间的亲缘关系。

note：选择指数（指数辅助）：选定某一目标性状，选择指数SI
选择指数与性状之间的遗传决定系数；
多性状和选择指数的区别

预测精度：育种值
预测能力：表型值

育种值和表型值的关系：https://blog.csdn.net/zjguilai/article/details/90707052

性状和方法间的互作 F-test

基于GWAS获得p值小的snp进行GS

22.12.10
SNPBLUP ：每个snp（rrBLUP）
GBLUP：kinship G矩阵IBS snp的和
IBS怎么矫正群体结构（可能把主效基因矫正没了,即假阴性)
IBS怎么做GS

有的群体结构为什么IBS矫正不掉：marker密度不同 分布不均匀，重组不均一，理想情况下一个重组一个marker；frequency是偏的；原假设是极少数相关，但现实遗传力高，比如20%的marker都与性状相关。

PCA用IBS和每个snp的区别，解释的pc1 IBS版低。

最小二乘法
最大似然法
贝叶斯
modeling computering

rrBLUP
统计基础：linear algerbra
概率与似然
最小二乘法
极大似然
最小二乘法与极大似然区别联系
回归的正则化
Ridge
Lasso
Elasticnet
Bayes回归
(即解y=ax+b)

zhihu.com/p/72370235

如何解混合线性模型